消毒指用化学制剂或者其他的方法消灭大部分微生物，从而使致病性的微生物减少到安全水平，而灭菌要求更高，它要求把所有的细菌包括细菌繁殖体、细菌芽孢全部消灭，也就是说灭菌是更高水平的要求。
正是因为消毒和灭菌概念的不同，所以应用的场合也不同。消毒常常用于酒精消毒皮肤、碘伏消毒皮肤或者用含氯的消毒剂消毒地面，而灭菌主要是用于医疗活动，比如医疗器材，像心脏支架需要放到病人体内，必须做到灭菌的要求才可以保证安全。