子宫内膜异位症的病因到现在还没有完全搞清楚，但是，现在比较倾向于以下几种学说：第一种是种植学说，这个理论认为异位的子宫内膜来源于子宫里的组织，这样的组织转移到子宫腔以外的部位，在里面种植并生长，常见的种植途径有经过血液逆流。第二种是医源性种植，还有淋巴的传播和血管的播散。经血逆流也就是当女性月经来潮的时候，月经血通过子宫腔逆流到输卵管，然后到了腹腔，种植到卵巢和盆腔腹膜而引起的。医源性种植是指剖腹产的时候或者阴道分娩的时候发现切口上有异位的子宫内膜。另外，它的发生还与遗传因素、免疫因素有很大关系。