沙眼不会自愈，沙眼的发生、发展有一个过程，在急性感染期会出现眼睛充血、有分泌物，眼睛会痒、会疼。急性期过了以后，沙眼好像是症状减轻了，实际上是形成了瘢痕组织，出现了沙眼瘢痕，这时不叫自愈，只是由急性期转入了慢性的瘢痕性过程。
沙眼的瘢痕会造成很多后遗症，比如眼睑内翻、倒睫导致眼睛干燥，导致角膜上皮出现混浊状态，还有可能出现沙眼性的慢性泪囊炎。