要想分辨胆管肿瘤是良性还是恶性，最金标准的方法是依靠病理结果来判断。胆管肿瘤首选的检查是B超，可以显示病变的部位和范围，但是不能确定病变的性质。如果发现有转移或者门静脉癌栓，将有助于恶性肿瘤的诊断。同样核磁共振也可以确定肿瘤的部位和范围，增强的核磁检查可能有助于判断肿瘤是否有恶性的倾向。
经皮肝穿刺胆管造影，可以帮助了解胆管内病变的部位、程度和范围，有助于初步判断胆管肿瘤的性质。内镜下逆行胰胆管造影，可以直接观察十二指肠乳头部和胆管内的情况。观察胆管肿瘤的形态，初步估计良性或者恶性，并且可以取材进行活检、病理检查，也可以造影显示胆道的病变。