直肠镜检查相对于肛门镜检查会比较疼痛，主要原因是由于两者检查部位不同，深入肠道位置不同。
肛门镜主要是对肛门周围以及直肠末端进行检查，除肛裂症状之外，一般不会出现较为明显的疼痛症状，部分患者只会出现轻度的肛门肿胀感以及坠胀感，而且在检查结束之后，肛门坠胀的症状在短时间内会消失。
而直肠镜检查需要深入直肠内部，直肠镜对肠道的刺激会更为严重一些，引发的疼痛症状也较为明显。
在做直肠镜检查之前，需要将直肠排空甚至清洗，所需要的检查步骤比肛门镜繁琐，所以在检查的过程当中以及结束之后，都会引起一定的疼痛以及肿胀症状。