肥厚型梗阻性心肌病是一种原因不明的心脏疾病，有运动中猝死的风险，药物治疗效果有限，主要是手术治疗。由于肥厚型梗阻性心肌病的手术风险大，国内能开展的不多，所以费用比较昂贵，至少在10万元左右，比如仅做左室流出道疏通术，费用在8-10万元左右。
如果发病比较久可能会出现瓣膜疾病，需要同时处理二尖瓣的病变，比如做二尖瓣置换或成形术，光材料费比如机械瓣或生物瓣的费用是4万元左右。如果患者合并其他基础疾病，费用还会相应的增加，这个是单纯的手术费用，其他费用还包括重症护理，防治感染，相关的化验检查，费用至少在15万元左右。