双肾囊肿通常不会有生命危险，但如果是多囊肾，有可能会随着年龄的增加，疾病得到进展，会导致患者出现肾功能的减退，还有肾实质被多发大量的囊肿所替代，这种情况要密切监测肾脏的功能，必要时积极的给予一些治疗。
对于单纯的双侧肾囊肿，可以通过一些外科的手术来解决。对于较小的肾囊肿，则无需治疗，观察囊肿的进展即可，而对于较大，如大于5cm的肾脏囊肿，可以考虑行囊肿的开窗减压手术，主要是以腹腔镜手术作为主要的治疗方案。通常是囊肿较小且没有临床症状，随着囊肿的增大，患者有可能出现腰痛，甚至囊肿有出血、感染等临床表现。