血吸虫病的治疗方案主要包括病原治疗以及对症治疗，一般考虑如下：
1、病原治疗：主要选择吡喹酮进行治疗，该药毒性小、疗效好、给药方便、适应证广，可用于各期、各型血吸虫病患者，是目前用于治疗血吸虫病最有效的药物。吡喹酮对血吸虫各个发育阶段均有不同程度的杀灭效果，吡喹酮毒性较低，治疗量对人的心血管、神经、造血系统，及肝肾功能无明显影响，无致畸、致癌发生。
2、对症治疗：除了进行病原治疗以外，还应进行对症治疗。急性期血吸虫病患者，如果出现高热、中毒症状严重者，给予补液、保证水和电解质平衡，加强营养及全身支持治疗。合并其他寄生虫病者应先驱虫治疗，合并伤寒、痢疾、败血症、脑膜炎者均应先抗感染，后应用吡喹酮治疗。
对于慢性和晚期血吸虫病，除了一般对症治疗以外，应及时地治疗并发症，改善体质，加强营养。巨脾、门脉高压、上消化道出血等患者，可以选择适当的时机考虑手术治疗。有侏儒症时可短期、间歇、小剂量给予性激素和甲状腺素制剂。