细菌性阴道炎的治疗选用抗厌氧菌药物，主要有甲硝唑、替硝唑、奥硝唑、克林霉素等。甲硝唑可抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸菌的生长，是比较理想的治疗药物。
治疗细菌性阴道病主要有两种方法，全身用药和局部用药，目前主要是推荐以局部用药为主。因为细菌性阴道炎是阴道内菌群失调引起的一个疾病，是内源性感染，并不是性接触引起的性传播疾病。局部用药主要适用于有过性生活史，暂时没有阴道流血的女性，在哺乳期也是选用局部用药为宜。局部用药的主要用药是甲硝唑制剂或者克林霉素软膏，阴道上药，连用七天。对于在阴道流血期间发现细菌性阴道病，或者在手术以后不适合阴道上药的女性，可以采用全身用药，主要用药也是甲硝唑、替硝唑、克林霉素。