非淋菌尿道炎主要的症状有会阴部瘙痒、尿道分泌物增多、有异味，尿可以呈泡沫状、黄绿样，或血性，有出血症状，还有尿频、尿急、尿痛等，较为严重的患者会出现附睾炎、前列腺炎、子宫内膜炎、输卵管炎等。这些患者往往会合并腹痛以及相关定位症状，严重者可导致女性不孕。
非淋菌尿道炎应早发现、早诊断、早治疗，平常生活中注意劳逸结合，避免不洁的性生活，坚持规律的服用药物，定期复查。