牙周炎的漱口水，目前应用最多的是复方氯己定含漱液，它包括甲硝唑和氯己定的成分，甲硝唑可以抗厌氧菌，氯己定是一种广谱的抗革兰氏阳性，以及革兰氏阴性细菌的药物，而且氯己定是目前效果最确切的抗菌斑药物。
应用氯己定含漱液可以有效减少菌斑的形成，在手术之后含漱也可以减少菌斑形成，促进组织的愈合。如果由于某些原因不能刷牙而行使口腔卫生措施的，也可以用它来含漱控制菌斑。其次还有一些漱口水，包括3%的过氧化氢溶液、西吡氯铵以及氟化亚锡溶液等，它们的应用比较少。