乙型肝炎和丙型肝炎最根本的区别是病毒不同，乙型肝炎是乙型肝炎病毒对机体感染、侵袭，丙型肝炎是丙型肝炎病毒对肝脏侵袭，这是两种的不同的病毒。
在治疗上乙型肝炎病毒目前还没有特效的办法可以根治，只能通过抗病毒药物抑制病毒转录，降低病毒载量，以延缓病毒对机体的损伤。
丙型肝炎病毒目前可以通过药物完全阻断病毒转录、复制，以达到根治目的，所以乙型肝炎和丙型肝炎两者是不同的疾病。
乙型肝炎和丙型肝炎相同点是都可能造成肝癌，在中国大多数肝炎携带者是乙型肝炎病毒，丙型肝炎病毒相对比较少。