非典型增生目前主要的治疗方法是采用手术治疗，目前没有有效的药物治疗方法，效果不是特别肯定，有一定风险。宫内膜的不典型增生，属于癌前病变，如果是已经接近绝经年龄，或者没有生育要求的女性，发现子宫内膜的不典型增生，主要的处理原则是建议子宫切除手术，防止癌变。如果有生育要求，可以考虑高效孕激素治疗，但是还是有癌变的风险，风险比较大。宫颈部位的不典型增生要分为三级，宫颈部位不典型增生主要是称为CIN病变，CIN-Ⅰ级是指的轻度不典型增生，轻度的不典型增生CIN-Ⅰ级大概有60%的女性可以在两年之内自然转阴，所以处理原则主要是以临床观察为主，也没有有效的药物治疗，通过每年的防癌筛查和宫颈活组织检查来观察宫颈的变化。
宫颈的不典型增生如果是中度和重度，又分别称为CIN-Ⅱ级和Ⅲ级，CIN-Ⅲ级重度不典型增生，属于宫颈癌的癌前病变。所以CIN-Ⅱ级和Ⅲ级目前需要做手术治疗，可以采用宫颈的锥切，也可以采用宫颈的LEEP刀手术。如果是没有生育要求，接近绝经年年龄的女性，还可以做子宫全切手术。不同的人群、不同的要求，可以选择不同的手术方式。