肠镜是检查肛门、大肠及末端回肠疾病的最直观的方式，随着现在肠道疾病的增加肠镜的检查日益重要。以下情况需要做肠镜检查，首先就是不明原因的便血、慢性的腹泻，以及不明原因的中下腹部的疼痛、腹部肿块等都需要做肠镜检查。
另外，在发现有低位的直肠息肉的时候，也需要做肠镜检查来排除整个结肠的息肉病。有结直肠癌的家族史以及息肉病家族史的患者，要定期做结肠镜检查以排除病变。
不明原因的肠梗阻，也可能需要做肠镜检查，在结肠癌及大肠息肉手术以后需要定期随访，也需要长期检查。