儿童孤独症需要早诊断、早治疗，在两岁之前可以在专业人士指导下在家庭进行干预，两岁以后要到医院专业机构治疗，并在家庭共同参与下进行综合治疗。目前有很多治疗方法，但是缺乏良好的循证医学证据，其中最流行的循证医学证据比较充分的是应用行为分析法，其它有地板时光、系统的教学方法，具体如下：
1、药物对症治疗：有些患者存在情绪不稳、易激惹、自言自语、过度活动、刻板重复行为、自伤攻击行为，故行为治疗无效时，应该给予抗精神药物治疗，抗精神病药，像氟哌啶醇，新型的抗精神病药、抗抑郁的药，像氟西汀、舍曲林、氟伏沙明等研究比较多。如果有注意缺陷、多动障碍，可以考虑选择哌甲酯、托莫西汀治疗，还有α肾上腺素受体激动剂。
2、其它治疗：包括感觉统合训练、听觉统合训练、体育锻炼等，可以减少自闭症刻板、攻击、破坏等行为，增进注意力。