真菌性鼻窦炎手术后，只有很少一部分人可能会复发，主要是由于真菌的菌丝残留或者病人抵抗力下降、再次长期用抗生素病史等，都会导致真菌性鼻窦炎手术以后的再次复发。
复发以后通常要行再次手术，一般都会通过鼻窦内窥镜进行，将鼻窦引流口打开，将鼻窦内的真菌菌团取出，通常进行鼻窦内冲洗。手术后一般经过一个月左右复查观察，通常创面复合好之后，基本上多数人都不会再复发。