生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起的一种炎症性、复发性的性传播疾病，所以患生殖器疱疹最主要的原因是通过性行为、性接触而感染了单纯疱疹病毒。
传染源是携带有单纯疱疹病毒的疱疹患者或者无症状的潜伏感染者、排毒者，都是有传染性的，如果和发生密切的性接触，而自身的皮肤上有微小的破损或者裂隙，对方的疱疹病毒就可以侵入到己方的表皮细胞，在细胞中复制、繁殖，引起生殖器疱疹，一旦感染病毒之后，疱疹病毒就可以潜伏到局部脊髓背根的神经节内，逃避机体的免疫系统监视。等到某些情况下，机体的免疫力下降，比如疲劳、紧张、外伤或者有基础疾病等情况，疱疹病毒就可以重新活化，再次引起皮肤黏膜的疱疹复发。