当艾滋病病人出现了肺孢子菌肺炎时，往往提示艾滋病病人已经进入了HIV的晚期，也就是感染HIV后的最终阶段。在这个时期，病人的免疫功能会非常低下，CD4-T淋巴细胞计数往往会小于200/mm^3。病人可以出现各种机会性感染，例如肺孢子菌肺炎。感染肺孢子肺炎之后，病人可以出现慢性咳嗽、发热、血氧下降，出现严重的呼吸困难，甚至引起死亡。一旦有这些症状之后应当立刻前往医院就诊，通过抗真菌的治疗，可以将肺孢子菌肺炎治愈。在充分评估患者情况之后，尽早使用抗病毒药物抑制患者体内艾滋病病毒的复制。从而使免疫系统逐渐恢复，使CD4-T淋巴细胞计数逐渐升高，最终达到接近正常人的水平，从而避免继发各种病原菌的感染。