根据结石的病因、大小、部位、身体状况决定尿结石治疗方案。
肾结石＞1.5-2.0cm，位于肾盂输尿管交界，反复梗阻感染，需要PCNL或输尿管软镜碎石，单纯的肾盂肾切开取石术，已很少应用。对于肾小管酸中毒引起的肾结石，通过予以拘橼酸氢钾钠碱化尿液，溶石效果确实。
位于输尿管的结石＜0.6cm，通过药物止痛、解痉、抗感染，结合多饮水、蹦跳、冲击疗法，自然排出结石。
结石0.6-1.0cm，体外震波碎石，结石＞1.0cm或者结石滞留时间长，周围输尿管壁增厚，需要输尿管镜碎石。
膀胱结石采用膀胱镜下碎石取石术，男性合并下尿路梗阻，同时行TRUP术，单纯膀胱切开取石术已很少采用。
另外，患者多饮白开水，稀释尿液，冲刷尿路中结晶钙化斑，防微杜渐，是预防和治疗结石的最好方法。