细菌性结膜炎和病毒性结膜炎都是由病原微生物感染结膜引起的炎症，两者都属于微生物性结膜炎，都具有传染性，这两种结膜炎的临床表现通常为眼红、异物感以及分泌物增多。两者的不同在于分泌物以及治疗，具体如下：
1、分泌物：病毒性结膜炎的分泌物比较稀，常呈水样或浆液性，细菌性结膜炎的分泌物比较黏稠，常呈现脓性或黏液脓性。病毒性结膜炎往往伴有角膜上皮的炎症，除了结膜炎的症状外会有畏光、流泪、视物模糊，常有耳前淋巴结肿大。
2、治疗：两者的治疗不一样，病毒性结膜炎主要以抗病毒治疗为主，细菌性结膜炎主要以抗细菌治疗为主。