百日咳杆菌为卵圆形短小的小杆菌，属于包特氏菌属，无鞭毛，无芽孢，革兰染色为阴性，专性需氧。百日咳杆菌含有耐热的菌体O抗原和不耐热的荚膜K抗原，前者为包特氏菌属共同抗原，而后者仅存于百日咳杆菌。
百日咳杆菌抵抗力比较弱，56℃30分钟以及日光照射1小时可使其死亡。百日咳典型的症状表现为阵发性痉挛性咳嗽，且伴有“鸡鸣样”吸气性吼声，一旦确诊为百日咳杆菌，应及时予以住院治疗，以免耽误病情，通常首选大环内酯类药物，疗程为7-14天。