导致三周岁儿童脸上有白点的原因，主要包括以下几种情况：1、由于儿童患有白色糠疹引起，儿童患有白色糠疹以后就会引起脸上出现白斑，可以给儿童应用软膏进行治疗，比如可以给儿童应用联苯苄唑软膏进行外涂。2、由于儿童患有白癜风引起的症状，儿童患有白癜风以后，不仅周身皮肤有白点，脸上也会出现白点。3、如果儿童营养缺乏，也会造成脸上有白点，这类儿童往往会有偏食、挑食等不良饮食习惯。