细菌性阴道炎的治疗首选是抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑、替硝唑或者克林霉素等。由于甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长，而不影响乳杆菌的生长，是非常理想的治疗药物。
针对细菌性阴道炎的治疗可以进行全身用药，首选就是甲硝唑口服，同时也可以进行一些局部的用药，比较好的效果就是甲硝唑的制剂栓剂，大概应用1-2次之后绝大多数患者就能够起到非常好的疗效。而对于一些哺乳期的女性则选择尽量应该是局部用药，尤其是对于一些细菌性阴道炎的患者，由于可能会导致子宫内膜炎、盆腔炎或者子宫切除之后的阴道残端感染。因此，准备进行宫腔手术操作或者子宫切除的患者，即使没有症状也是应该给予相应的治疗的。