对于窦性心动过缓，通常有生理性的因素，也有病理性的原因。生理性的因素常见于，例如年轻的运动员、体力劳动者或者在夜间熟睡后，老年人也会有窦性心动过缓的情况，这种情况通常都不需要进行治疗。
对于病理性窦性心动过缓常有如下因素，首先迷走神经中枢兴奋性增高，例如脑膜炎、脑出血、头部的肿瘤引起颅内压增高、神经官能症、血管抑制性虚脱，这些情况都会引起窦性心动过缓。另外，反射性迷走神经兴奋，例如压迫眼球、按压颈动脉窦、刺激咽喉、急性胃扩张、肠梗阻、泌尿系结石、胆结石，也会导致窦性心动过缓。最后，严重的代谢紊乱，例如甲状腺功能减退、脑垂体功能低下、重度的营养不良、严重的低体温，都会引发上述情况。