非淋菌性尿道炎不会自愈，如果发生非淋菌性尿道炎，建议积极的进行治疗，以免病程迁延不愈。当非淋菌性尿道炎发生以后，其主要的致病微生物是衣原体或者支原体，主要的临床表现有两点：一、排尿的刺痛感，患者在排尿时感觉到尿道内有刺痛感或者刺痒感。二、尿道分泌物，可以有少量稀薄的分泌物，也可以仅表现为在晨起时发现尿道口有脓性物粘附。二者症状可以同时出现，或者仅出现一种。
对于支原体和衣原体的感染，目前推荐应用的药物是左氧氟沙星、多西环素和阿奇霉素，具体用药的疗程和用量，需要在专业医师的指导下进行。当治愈以后患者表现为尿液澄清、无脓性分泌物，尿常规检测正常，而尿液的病原微生物培养也是阴性状态，就视为治愈。