右佐匹克隆主要不良反应为口苦、头晕，还有乏力、恶心和呕吐等轻度消化系统不良反应；瞌睡、产生短期记忆损伤、幻觉、协调障碍、晕眩和头晕、眼花等中枢神经系统的不良反应。
一般持续时间短、症状轻微，不会影响使用者的生活和功能，可自行缓解。副作用出现与用药剂量及用药时间有关，如果剂量大时间久，则出现副作用的几率和程度都会增加。
高脂饮食有可能会引起右佐匹克隆吸收缓慢，导致药物对睡眠潜伏期的作用降低，另外对此药过敏者，失代谢的呼吸功能不全患者，重症肌无力及重症中睡眠呼吸暂停综合征患者禁用。