16岁女孩月经不规律，原因可能有以下几种：
一、多囊卵巢综合征：这个的可能性比较大，目前小孩子月经初潮一般在11-12岁，如果两年月经都不正常，以后月经不规律的可能性就非常大。16岁的女生可能来了3-4年的月经，这个时候月经不规律，要考虑是不是有多囊卵巢综合征的可能性，还要看是不是有高雄激素的表现，比如肥胖、痤疮、多毛等等，要做B超看一看卵巢上面是不是有多于12个的小卵泡。如果患者不来月经或月经不规律，卵巢上面又有多个小卵泡，还有高雄激素的表现，这三项中符合两项就可以诊断多囊卵巢综合征。
二、中枢性月经不调：有的小女孩是因为节食减肥或者是大运动量导致的月经不规律，这是中枢性月经不调，需要补充雌孕激素。
三、卵巢功能不好：因为现在卵巢早衰的患者很多，年龄也比较小，所以一定要查一下卵巢功能，排除一下是不是因为卵巢早衰导致的月经不调。