引起牙周炎最重要的原因是牙龈以下牙周袋内的牙菌斑，牙菌斑是一个非常复杂的生物结构膜，里面有大量的牙周致病菌，普通的刷牙漱口很难将其清洁干净。牙菌斑一旦形成之后，除了其内部的致病细菌会对牙周造成直接的刺激，致病细菌多数以革兰氏阴性厌氧菌为主，它们会释放内毒素，引起宿主的免疫反应，造成牙周的破坏。
牙根部的牙石是牙周炎的局部促进因素，牙石一方面会对牙龈产生机械性的压迫和损伤，另一方面由于表面粗糙，所以更有利于细菌的黏附。另外，体内激素水平变化也会加重牙周炎症，例如青春期、妊娠期、月经期人群的牙周炎症在激素的作用下会比普通人严重一些。