输尿管镜钬激光碎石属于以种有创伤的治疗方法，所以对人体也存在以定的危害。
1、术后继发性的输尿管狭窄，碎石过程中钬激光会直接损伤黏膜。损伤黏膜后其瘢痕型的修复就可以造成输尿管的狭窄，术后就会出现肾积水而引起腰痛的症状，同时在钬激光碎石的过程中，激光释放大量的热量，在没有充分引流或者导热的情况下，则可以造成输尿管的灼伤，而造成继发性的输尿管狭窄。
2、输尿管的直接损伤，比如穿孔或者断裂。钬激光碎石可以将结石击碎，同时可以将人体的组织击碎，所以在手术的过程中可能会直接造成输尿管断裂，此时需要立即进行开刀手术修补恢复输尿管的通畅性。
3、碎石的过程中激光作用于结石将结石击碎，击碎的小结石顺着输尿管逆行流入肾脏，使反流输尿管结石变为肾脏结石。术后需要长期排石或者在间断排石的过程中，结石反复造成输尿管的梗阻，造成肾积水加重或者造成患者疼痛症状进一步加重等。