肛门部位尖锐湿疣的治疗应该根据尖锐湿疣生长在肛门外侧，或者肛门内侧，选择不同的治疗方案。如果疣体只发生在肛周外侧，就可以用外用药，或者激光、微波、冷冻治疗。
如果要是在肛管内有疣体，就需要下肛门镜，可以行微波或者激光治疗。如果疣体特别大、泛发，就需要去肛肠科，局麻后行肛肠科手术进行彻底治疗。肛周尖锐湿疣极其容易复发，必须规范、积极、正确的治疗才能够彻底治愈。