被害妄想症治疗比较困难，患者往往主观上不承认自己有病，不配合治疗。患者往往恐惧、害怕见医生，对自己妄想的、被害的、恐怖的东西很恐怖，对医生也很恐怖，对于治疗的手段、对于药物、对于很多的治疗方法并不认可，配合差，往往治疗效果不好。
和患者沟通有时也很难，对此一定要有耐心。如果不治疗，被害妄想可能会伴随终生。如果治疗效果不是很好，有的时候会有自杀的企图，结果不太好。对此病的治疗往往是药物治疗，很复杂的几种药物的联合治疗，心理疏导等心理治疗同时进行，必要的时候要住院治疗。
治疗的过程很复杂，多种新型的抗精神病药、抗焦虑药、抗抑郁药同时服用；还有心理疏导、认知的心理治疗、个体治疗，包括家庭治疗等等综合的措施，才能收到很好的效果。