扁桃体结石清理可以用棉签、镊子，也可以用吸引器，都可以将扁桃体结石清理。在清理的过程当中，一定要注意不能损伤扁桃体的黏膜而造成出血。如果扁桃体结石不影响生活，没有症状，可以不清理。可以用含片或漱口水进行治疗，炎症消退以后，一般扁桃体结石自己排出。
如果扁桃体结石比较大，有臭味，形成口臭，或者咳嗽的时候咳出来有臭味，这时候可以进行清理，试着用棉签将它挤出，或者用镊子夹出。如果自己清理比较困难，可以到医院，医生可以用吸引器吸出。