扁桃体结石平时没有特殊的症状，扁桃体小的结石一般不会引起任何明显的症状，患者可能不会意识到自己患有疾病，通常是在做咽腔检查时偶然发现。
扁桃体有比较大的结石很少见，可能引起患者的明显症状，包括口臭、咽喉反复疼痛、吞咽异物感、耳朵疼痛、扁桃体肿胀、咳嗽，扁桃体表面出现白色或者黄色斑点样的物质等等。
此外也有报道称扁桃体结石可引起神经疼，伴发症状有咽干、咽痒、异物感、刺激性咳嗽，如果伴有扁桃体发炎时还可能会发生咽疼、呼吸不畅、发高烧等症状。