头皮毛囊炎通常是由于头皮部毛囊内部细菌感染所引起来的炎症，轻度的头皮毛囊炎可以外用药物治疗为主，比如外用杀菌消炎的碘酊、氯霉素、夫西地酸乳膏、百多邦软膏等进行治疗。
如果是多发反复的毛囊炎，可以考虑口服敏感的抗菌素，常见的包括头孢菌素、青霉素类抗菌素，还有喹诺酮类的，比如氧氟沙星等，大环内酯类的以及四环素类的抗生素也是可以选用的，必要时可以结合局部脓液细菌培养和药敏结果选择敏感的抗菌素进行治疗，有时还可以配合清热解毒的中成药进行治疗，比如一清胶囊、新癀片等都有一定的治疗作用。反复发作的还可以给予免疫调节的药物，比如转移因子、胸腺肽等，可能能减少毛囊炎的发生。