卵巢囊肿发炎可以在医生的指导下用药物治疗，比如桂枝茯苓丸、金刚滕等。有生育意愿的可以药物进行保守治疗，散在的、比较小的卵巢腺囊肿是无症状的，不需要治疗，只需要每年定期妇科及B超检查即可。
对于比较大的囊肿，影响受孕或伴有不适的，可考虑消炎后针刺放液、微波等物理治疗。对于较大的、突出于卵巢表面的，也可考虑用电刀切除治疗。平时要注意防止剧烈运动，以免造成卵巢囊肿蒂扭转及坏死。
卵巢囊肿进展也较为缓慢，逐渐增加，当症状严重时，会出现恶性的卵巢肿瘤，有可能会导致女性不孕、小腹疼痛，卵巢囊肿还会发生扭曲、出血，还会抑制黄体素的分泌，建议定期去医院检查。