尿结石发生的原因非常复杂，没有明确的发病的因素，结石的发生与患者的性别、年龄、种族、体重指数、职业、水摄入、水质、气候和地理位置都有相关性。
在肾结石发生的原因当中，主要含四个层面的因素：外界因素、个体因素、泌尿系统因素以及尿液的成石因素。外界环境包括自然环境和社会环境，比如气候和地理位置就属于自然环境，社会环境包括了社会的经济水平和饮食文化。
个体因素包括了种族和遗传因素、饮食习惯、一些代谢性的疾病和药物；泌尿系统因素包括了肾损伤、泌尿系统的梗阻、感染和异物等。
这些因素的综合作用最终导致尿液中的各种成分过饱和，抑制结石的形成因素降低，结石滞留因素和促进结石生成的因素增加，从而导致尿路结石的发生。