医院感染的病原体主要包括细菌、真菌、病毒，相应情况如下：
1、细菌：是引起医院感染的主要病原体，90%以上的医院感染为细菌所致。近十年来，革兰氏阴性菌与革兰氏阳性菌比例为7:3，呈现阴盛阳衰的状态，因此在医院感染的病例的临床诊疗过程中，革兰氏阴性菌是主要挑战，其中大肠埃希菌位居第一，常见的包括肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌等。革兰氏阳性菌中常见的包括金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、肠球菌等。
2、真菌：由于广谱抗菌药物的广泛应用，内置医用装置的应用增多，各种介入性操作和手术，以及移植治疗的开展和免疫抑制剂的应用，医院内真菌感染的发病率明显上升，其中最常见的是白色念珠菌。
3、病毒：也是医院感染的重要病原体，医院感染常见的病毒包括主要经呼吸道途径传播的流感病毒，常可以导致医院感染的暴发流行，在医院内主要经接触传播的如诺如病毒，常可以引起住院患者感染性腹泻的爆发。