女性肚脐眼下三指这个地方疼痛，疼痛的原因可以有很多，建议还是要去医院门诊明确诊断，常见病因如下：
1、痛经：一般来说，如果是月经期，可能考虑为痛经。
2、泌尿系结石：如果有泌尿系结石的情况，有可能为泌尿系结石排石。
3、感染：如果近期有性生活，没有注意性生活卫生，或者是会阴区未注意卫生的情况下，有可能为泌尿系或者妇科感染、盆腔炎等等。
4、阑尾炎：如果肚脐眼周围这一块也逐渐疼痛，或者之前肚脐周围疼痛不明显，直接表现为脐下疼痛，也可能考虑为阑尾炎发作。
建议应该去急诊外科、普外科或者妇产科就诊，必要时需要完善泌尿系和妇科彩超、阑尾彩超，酌情完善CT、尿液分析、血HCG、尿HCG等相关检查。一般而言，建议去医院就诊前暂时不要吃东西，若是外科急腹症，必要时需要考虑手术。