咳嗽剧烈时可使用止咳的药物，例如右美沙芬、喷托维林、肺力咳合剂、苏黄止咳胶囊、强力枇杷露、甘草片等等。同时，要查找导致咳嗽的原因、导致咳嗽的致病菌等等。如果患者出现病毒核酸检测阳性，此时考虑为病毒感染，以对症治疗为主，或者使用抗病毒的药物。
临床上常用的抗病毒药物，包括奥司他韦、阿比多尔、扎那米伟等等。也可使用一些清热解毒的药物，例如清开灵、蒲地蓝。当患者出现了支原体抗体近期四倍以上升高，此时考虑为非典型致病菌的感染，需要使用阿奇霉素、莫西沙星等相关的抗生素进行治疗。当患者出现白细胞升高时考虑为细菌感染，需要使用头孢、青霉素、阿奇霉素等相关的抗生素。