细菌性阴道病是由于阴道内微生态平衡紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他的微生物大量繁殖，主要是以加德纳菌等厌氧菌感染为主，所以首选抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑、克林霉素等。甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，但不影响乳酸杆菌的生长，所以是一种比较理想的治疗药物，但是对于支原体的效果相对来说会差一些。使用方法包括口服用药以及局部用药，口服用药和局部用药疗效相似，治愈率均可以达到80%左右。
此外，虽然细菌性阴道病和性生活的次数频繁有一定关系，但是性伴侣一般不需要常规进行治疗。如果不治疗细菌性阴道炎，容易导致子宫内膜炎、盆腔炎、子宫切除术后的阴道残端感染。对于妊娠期女性，可以导致绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产等，所以对于妊娠期女性，如果患有细菌性阴道病，需要在充分告知风险的基础上给予药物治疗，在药物治疗以后，大多数症状可以缓解，并且也不需要进行长期随访。