新生儿肠炎分为感染性肠炎和非感染性肠炎，感染性肠炎的治疗主要是给予预防脱水、治疗脱水、合理用药、继续饮食的治疗原则，轻症的患儿可以减少喂奶次数和喂奶量。如果有明显的腹胀、呕吐的患儿可以禁食4-6个小时，但禁食不益过长。如果新生儿有脱水，给予补液治疗，进行静脉输液补液治疗，脱水可分为轻度、中度和重度，根据其脱水的程度给予补液。
还应该控制感染，70%左右的水样便可能是病毒感染导致，不需要用抗生素治疗。有一部分细菌性痢疾、沙门菌等需要抗感染治疗，抗感染治疗需要根据粪便培养、药敏的结果进行治疗，还可以用应用双歧杆菌调节肠道的菌群，建立肠道的保护屏障，还可以口服思密达，保护胃肠道黏膜，减轻腹泻。
还有一些是非感染疾病导致的腹泻，例如乳糖不耐受，还有是牛奶蛋白过敏等情况。乳糖不耐受导致的腹泻，可以给予口服乳糖酶，或者更换为无乳糖配方的奶粉喂养，牛奶蛋白过敏应该给予更换氨基酸奶粉、深度水解蛋白奶粉喂养。如果有脱水需要给予脱水补液治疗，并且肠道黏膜保护剂、益生菌治疗等。