治疗静脉血栓的药物包括抗凝药、溶栓药、消肿药。抗凝药主要是华法林、肝素、低分子肝素和口服抗凝药，如利伐沙班、阿哌沙班。这些主要是针对凝血因子，避免凝血因子再次聚集，引起血栓的形成。
溶栓药物主要有尿激酶、链激酶、rtPA，这些都对血栓有一定的溶解作用。消肿的药物主要是麦通纳、迈之灵、地奥司明、威利坦，这些能够减轻因为静脉血栓导致的症状。