应用艾滋病试纸进行艾滋病抗体检测时，有可能出现假阴性，主要是因为抗体出现延迟。因为HIV病毒进入人体之后，可以刺激机体产生HIV病毒抗体，由于个体差异以及感染HIV病毒数量的不同，所以出现抗体的时间早晚也不同。
目前推荐应用艾滋病试纸是在高危之后的第六周进行检测，因为第六周时检出率可以达到99.99%，但是这个比例并不是100%，仍然有罕见的人会延迟出现HIV病毒抗体。在窗口期之后进行HIV抗体检测时，也会出现假阴性的情况。为了保证准确率，可以在第六周检测阴性时，在第12周和半年时再进行一次复查。