黄芩苦寒归，肺胃胆经，有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎的功效。本品有清热燥湿之功，善于清中上二焦湿热。黄芩善清肺热，对于肺热导致的咳嗽、痰稠，单用即有效，或与桑白皮、杏仁同用。本品入少阳经，可以清泻少阳半表半里之郁热。用于治疗少阳病往来寒热心烦、喜呕、常与柴胡、半夏同用。
黄芩有较强的解火解毒能力，用于火热炽盛导致的疮痈肿毒、咽喉肿痛、常与连翘、板蓝根同用。本品又能凉血、止血，用于血热妄行导致的吐血、经期延长，单用就有效。黄芩还有清热安胎作用，常与白术配伍。