出现急性附睾炎的时候需要及时治疗，避免转化为慢性迁延不愈。治疗的具体方案包括一般治疗，如卧床休息、托起阴囊、早期用冰袋冷敷、避免性生活等。主要的用药是抗生素治疗，在抗生素治疗前应当取尿液样本进行细菌培养和药敏试验，常规行衣原体检测，经验性的使用头孢类抗生素静脉点滴，加大环内酯类或喹诺酮类的抗生素口服，以后可以根据培养结果选择敏感的抗生素，通常静脉给药1-2周后，再口服抗菌药物2-4周。
对于衣原体感染的患者可选择大环内酯类或喹诺酮类抗生素口服，疗程2-4周，性伴侣应同时检查、治疗。如果疼痛症状比较严重，可以使用止痛药物，一般选择口服的镇痛药物或者1%的利多卡因精索封闭，缓解疼痛。非甾体类抗原药物对治疗急性附睾、睾丸炎有一定的帮助。中药治疗可以改善微循环，减少附睾纤维组织增生，缩短病程。对于一部分严重的患者，如出现脓肿，甚至睾丸坏死，则需要相应的手术治疗。