治结膜炎眼药水的选择主要是依据导致结膜炎的致病类型是什么，导致结膜炎的病因有很多，但大体上分为两大类：
一、感染性因素，在感染性因素里主要分为：1、细菌性的感染，主要是用抗生素的眼药水像左氧氟沙星、妥布霉素。2、病毒性感染，主要使用抗病毒的眼药水阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液等。3、真菌性感染，使用氟康唑酮康唑这一类的眼药水。4、其他微生物感染，相应的对这种微生物进行治疗。
二、非感染因素，结膜炎主要是有：1、过敏性结膜炎，使用抗过敏的药水像奥洛他定、那米韦、氮卓斯汀等。2、由于视疲劳和干眼症引起的结膜炎，使用治疗肝炎的人工泪液产品，如果眼睛痒得很厉害，同时使用止痒的眼药。3、物理、化学因素，比如烧伤、化学伤等引起的结膜炎，要针对这个原因进行对症治疗。