手足口病大便化验在粪便标本中发现柯萨奇病毒A16、EV病毒71等肠道病毒的特异性核酸阳性、弱阳性，或在大便中分离到肠道病毒，一般可以确诊为手足口病，具体要看手足口病的临床表现决定严重性。
手足口病是由肠道病毒引起的急性、发热性、出疹性疾病，大多数在五岁以下的儿童发病，绝大多数儿童发病以后症状轻微，仅仅表现出低热，口腔、手、足出现斑丘疹和疱疹，多数在一周之内治愈，但是少数病例可以出现脑炎、神经源性肺水肿、肺出血、心肌炎、心肺功能衰竭等重症表现，病情进展迅速，有死亡的危险性。手足口病属于传染病，得了手足口病应该进行隔离治疗。