新复方芦荟胶囊属于非处方类中成药，上市后的不良反应报告显示，此药按照说明书推荐的剂量和疗程，辨证的合理使用比较安全。患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见患者服药后出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应。出现胃肠道不良反应的患者，或者平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。
还有极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。过量或者长期服药会增加不良反应发生的频率和程度，因此不可自行长期服药。服药期间饮食宜清淡，忌烟、酒，及辛辣、生冷、油腻食物。