上颌骨囊肿术前要进行基础的化验及检查，查看患者是否可以耐受手术，同时要查看患者的影像学情况。查看是几个牙位的囊肿然后选择麻醉方式，可以选择局部麻醉或者全身麻醉，两种方式来针对上颌骨囊肿来进行治疗。
一般情况下，在治疗时要针对术区进行消毒，然后应用专用的手术刀片将对应囊肿的部位的牙龈进行切开。如果囊肿有骨质包被需要将骨质去除，暴露囊肿后应用刮匙将囊肿完整刮除，查看没有残留的囊壁，手术结束冲洗后缝合伤口。