乳糖不耐受症治疗的目标是消除症状，同时避免营养缺乏。对于原发性的乳糖酶缺乏提倡减少乳糖酶的摄入，并非严格禁止。而对于先天性乳糖酶缺乏的，则应该终生禁止乳糖。对于继乳糖不耐受的首要治疗是针对原发病，在急性期的时候，要注意水电解质平衡，如果未断奶的幼儿出现脱水的症状，可以采用无乳糖奶粉喂养，缓解腹泻症状，促进肠道功能恢复，但喂养时间一般不超过两周，长期应用可能导致一些营养元素的缺乏。
已经断奶的幼儿、儿童要注意静脉补充水电解质，以免休克。而对于与食物过敏提倡的严格避免过敏原不同，乳糖不耐受存在有剂量依赖性，减少乳糖的摄入就可以，不需要完全避免摄入膳食当中的乳糖，在临床上根据症状的轻重可以选择无乳糖、低乳糖奶粉。现在市面上卖的无乳糖、水解蛋白的牛奶均不含乳糖，属于优质的牛乳蛋白配方，能够保证蛋白质足够的供应和良好的应用，这种情况可以采用这种奶粉的摄入。